Kubeczek menstruacyjny należy umieścić w pojemniku do dezynfekcji i wypełnić go wodą tak, aby kubeczek menstruacyjny pływał.
Wodę należy doprowadzić do wrzenia, aby dezynfekcja była skuteczna. Zazwyczaj wystarczy średni poziom mocy przez 3 - 5 minut.
Podczas dezynfekcji pokrywka pojemniczka nie może być szczelnie zamknięta, należy zapewnić ujście parze wydobywającej się podczas wrzenia wody.
Przy wyjmowaniu pojemnika z mikrofalówki należy zachować ostrożność, ponieważ pojemnik jest bardzo gorący. Można zostawić pojemnik wraz z kubeczkiem w mikrofalówce do ostygnięcia.